Dalam rangka peningkatan mutu, profesionalisme lulusan tenaga kesehatan dan efisiensi pengelolaan pendidikan  di lingkungan Departemen Kesehatan, pada tahun 1998 beberapa pendidikan tinggi (akademi) dan sekolah-sekolah kesehatan yang belum melembaga di lingkungan Departemen Kesehatan digabungkan menjadi satu politeknik kesehatan (Poltekkes), termasuk diantaranya AKL Purwokerto juga di gabung menjadi PoltekkesBerdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan dan Kesejahteraan Sosial RI Nomor 298 / MENKES – KESOS / SK / IV / 2001 tanggal 16 April 2001, tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Kesehatan, diantaranya dibentuklah Politeknik Kesehatan Semarang yang selanjutnya disingkat menjadi Poltekkes Semarang. Poltekkes Semarang berdasarkan lampiran II Keputusan Menkes-Kesos Nomor 298 / MENKES-KESOS / SK / IV /2001 tanggal 16 April 2001, terdiri dari Jurusan Keperawatan, Jurusan Kebidanan, Jurusan Gizi, Jurusan Teknik Radiodiagnostik dan Jurusan Radioterapi, Jurusan Kesehatan Gigi, dan Jurusan Kesehatan Lingkungan (JKL).

Jurusan Kesehatan Lingkungan (JKL) Purwokerto Politeknik Kesehatan Semarang terletak di Kampus 7 Jl. Baturaden KM 12 Purwokerto, biasa dikenal dengan JKL Purwokerto. Suasana demokratis mulai terasa dengan berubahnya menjadi Poltekkes. Calon Pejabat yang ada dipilih secara demokratis oleh senat atau dewan dosen. Pada awal periode Poltekkes, para pejabat dipilih oleh tim ad hok  yang berasal dari pejabat dan senior  seluruh eks akademi yang  tergabung dalam Poltekkes Semarang.

Unsur pimpinan pada awal periode Poltekkes. Dari kiri : Tri Cahyono, SKM, MSi (Koord I), Sugeng Abdullah, SST (Koord. II), Nur Hilal, SKM, MKes (Kajur), Djamaluddin Ramelan, SKM, MKes (Sekjur).